Organi Univerziteta su Upravni odbor, Senat, Rektor, Predsjednik Univerziteta i Savjetodavno vijeće.
Organ upravljanja Univerziteta je Upravni odbor Slobomir P Univerziteta. Mandat članova Upravnog odbora traje četiri godine.
Upravni odbor ima 11 članova, i čine ga 2 predstavnika osnivača, 2 predstavnika neakademskog osoblja, 5 predstavnika akademskog osoblja, 2 predstavnika studenata. Predsjednik Upravnog odbora bira se iz reda akademskog osoblja.
Senat je najviše akademsko tijelo Univerziteta sačinjeno od predstavnika akademskog osoblja i studenata od čega najmanje jednu trećinu od ukupnog broja članova čine redovni profesori.
Senat čine rektor, kao predsjednik Senata, prorektori, dekani fakulteta i po jedan predstavnik studenata iz svakog ciklusa.
Univerzitetom rukovodi rektor. Rektor univerziteta zastupa i predstavlja Univerzitet, organizuje i rukovodi radom Univerziteta, donosi pojedinačne akte u skladu sa zakonom i statutom Univerziteta, predlaže opšte akte u skladu sa Zakonom i statutom Univerziteta, predlaže Upravnom odboru i Senatu mjere za unapređenje rada Univerziteta, predlaže Upravnom odboru mjere za efikasno i zakonito obavljanje djelatnosti Univerziteta, predlaže osnove planova rada i razvoja Univerziteta, donosi Pravilnik o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta, na prijedlog Upravnog odbora, izvršava odluke Upravnog odbora i drugih organa Univerziteta, podnosi Upravnom odboru izvještaj o finansijskom poslovanju Univerziteta, naredbodavac je za izvršenje finansijskog plana, učestvuje u radu rektorske konferencije, zaključuje ugovore u ime Univerziteta, obustavlja od izvršenja akte rukovodilaca organizacionih jedinica ukoliko ustanovi da su u suprotnosti sa Zakonom i ovim Statutom, imenuje i razrješavanje rukovodioce dekane i direktore organizacionih jedinica, na prijedlog vijeća, obavlja promociju doktora nauka, profesora emeritusa i redovnih profesora, potpisuje diplome i dodatak diplome, ostvaruje saradnju sa drugim Univerzitetima i naučnim ustanovama u zemlji i inostranstvu uz saglasnost Senata, imenuje i razrješava rukovodioce organizacionih jedinica na prijedlog nastavno-naučnog vijeća fakulteta/akademije, te obavlja i druge poslove u skladu sa zakonom i Statutom i drugim opštim aktima Univerziteta.